О лаборатории

Лаборатория «Геномики адаптивного противоопухолевого иммунитета» Нижегородской государственной медицинской академии создана в рамках Проекта «Клональный состав опухоль-инфильтрирующих Т-лимфоцитов как прогностический и предиктивный маркер при лечении онкологических заболеваний», проводимого под руководством Ведущего ученого д.б.н., проф. РАН Чудакова Дмитрия Михайловича в соответствии с Договором № 14.W03.31.0005 с Минобрнауки России от 09 февраля 2017 года в рамках постановления Правительства РФ от 9 апреля 2010 г. № 220 «О мерах по привлечению ведущих ученых в российские образовательные учреждения высшего профессионального образования».

Лаборатория сосредоточит усилия на исследовании клонального состава функциональных популяций опухоль-инфильтрирующих Т-лимфоцитов как прогностического и предиктивного маркера развития онкологических заболеваний и эффективности различных методов иммунотерапии.

Нас интересует:

  • каким образом иммуносупрессионная активность опухоли влияет на клональный и функциональный состав опухоль-инфильтрирующих Т-лимфоцитов;
  • как иммунотерапия с использованием ингибиторов контрольных точек способна повлиять на устоявшиеся взаимоотношения опухоли и адаптивного иммунитета, на клональный состав опухоль-инфильтрирующих и в, том числе, опухоль-специфичных Т-лимфоцитов;
  • насколько эффективным прогностическим маркером может служить информация о клональном разнообразии опухоль-инфильтруирующих Т-лимфоцитов, а также определенных субпопуляций Т-лимфоцитов крови (таких как CD8+PD1+) при лекарственной терапии, и как эта информация может быть рационально интерпретирована для индивидуального подбора иммунотерапевтического вмешательства;
  • как различаются представленность и репертуар опухоль-специфичных Т-лимфоцитов в молодом и пожилом возрасте, как различается ответ на иммунотерапию, возможно ли замедлить старение противоопухолевого Т-клеточного иммунитета;
  • насколько воздействие иммунной системы влияет на структурную организацию опухоли, какие изменения в структуре опухоли происходят в ответ на иммунотерапию тем или иным ингибитором контрольных точек. Насколько выражена возрастная зависимость структуры опухоли.

Лаборатория позволит комплементарно задействовать компетенции приглашенного ученого, входящего в число мировых лидеров в области массированного анализа репертуаров рецепторов иммунных клеток, и коллектива НИИ Биомедицинских технологий, обладающего многолетним опытом в исследованиях на мышиных моделях перевиваемых опухолей и метастазирования.

В тесном взаимодействии с клиницистами (ПОМЦ ФМБА России, ФГБНУ «РОНЦ им. Н. Н. Блохина» РАМН), со специалистами по генетике опухолей, а также в сотрудничестве с международно известными специалистами по иммунотерапии (Проф. Ton Schumacher, Нидерланды), и биологии регуляторных Т-лимфоцитов (Проф. Александр Руденский, США), мы рассчитываем на получение прорывных результатов, способных существенно повысить эффективность и ускорить внедрение рациональных методов иммунотерапии в клиническую практику.

Структура лаборатории

Созданная лаборатория способна проводить полный цикл исследовательских работ - от операций с экспериментальными животными до биоинформатической работы по анализу данных массированного секвенирования репертуаров Т-клеточных рецепторов.

Лаборатория укомплектована всем необходимым оборудованием (практически все необходимое оборудование имеется в наличии) и включает следующие основные блоки:

1. Блок экспериментальной онкологии, включающий операционную для работы с экспериментальными животными и минививарий по стандартам SPF (система особо чистых помещений, включающих моечную с системой автоклавирования, предбокс, коридор-распределитель и три изолированных чистых помещения под содержание животных). Блок снабжен базовым оборудованием и необходимым инструментарием для выполнения биологических и хирургических манипуляций (операционный стол, стереомикроскоп, хирургическая лампа, сухожаровой шкаф, дистиллятор, набор микрохирургических инструментов).

2. Морфологический блок (пробоподготовка препаратов, иммуногистохимия, иммуноцитохимия), включающий комплекс оборудования для выполнения полного спектра морфологических исследований: автоматический вибрационный микротом для приготовления срезов без предварительной обработки тканей; микроскоп с функциями светлого, темного поля, поляризации и флуоресценции с цветной охлаждаемой камерой; криомикротом; автоматическая станция для консолидации изображений (сопоставление морфологических, конфокальных изображений).

3. Блок сортировки клеточных популяций, включающий в себя системы анализа и сортировки клеток методом проточной цитометрии, а также магнитной сепарации клеточных популяций. Блок оснащен сортером клеток, проточным цитофлуориметром, магнитным сепаратором и центрифугой с функцией охлаждения, а также оборудованием для работы с культурами клеток человека и мыши (ламинарно-потоковый шкаф, центрифуга, СО2-инкубатор, микроскоп с функцией светлого поля, гомогенизатор тканей, низкотемпературный морозильник).

4. Блок молекулярной биологии, включающий в себя комплекс приборов для выделения РНК и ДНК, приготовления молекулярно-баркодированных кДНК библиотек для массированного секвенирования, ПЦР анализа. Блок снабжен ПЦР-боксом, ДНК-амплификаторами, твердотельными термостатами, лабораторными микроцентрифугами, центрифугами-вортекс, системой тонкой очистки воды, а также оборудованием для электрофореза и гель-документирования.

5. Блок анализа данных (первичная биоинформатическая обработка данных массированного секвенирования, сравнительный пост-анализ полученных репертуаров Т-клеточных рецепторов, работа с метаданными). Блок представлен компьютерным залом и программными пакетами для первичного анализа и сравнительного пост-анализа данных массированного секвенирования репертуаров Т-клеточных рецепторов, анализа изображений, хранения полученной информации в базах данных, статистической обработки и интерпретации результатов.